鮮奶巴氏殺菌機原理在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的zui適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢， 在食品、飲料、制藥等行業中，要求對一些包裝完畢的產品進行水浴滅菌。被包裝好的產品放在可調速的不銹鋼網帶上，在傳送帶的作用下按序進入滅菌箱體內，經由“高溫水為介質”殺菌后，再由傳送帶帶人冷卻箱體內均勻冷卻，從而達到產品殺菌要求。該系列設備連續運轉，已滅菌的包裝產品被源源 不斷送入下一生產工序。
鮮奶巴氏殺菌機的原理是巴氏消毒法，它是由法國微生物學家巴斯德發明的冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養物質風味不變的消毒法。一般微生物生長的適宜溫度為28℃—37℃，溫度太高，細菌就會死亡。巴氏殺菌機就是一種是將牛奶等食品加熱到60~65℃，保持30分鐘殺菌，然后將溫度急速冷卻到4-5℃進行保存。這種殺菌，多用于牛奶等，既能將病原菌殺死，也可減少營養損失。但這種消毒方法，不能殺死所有細菌和微生物，因此保質時間很短。
