啟動后兩個月之內的運行被稱之初期運行。這兩個月內是袋式除塵器容易出現問題的時期，使用起來要十分主要有問題即使解決排除，這樣才能使袋式除塵器在今后的工作中穩定的運行。
一、處理風量　
為了穩定濾袋的壓力損失，運行初期往往采用大幅度提高處理風量的辦法。讓氣體順利流過濾袋。此時如果風機的馬達過載，可用總閥門調節風量。因為這種情況快則一會，慢則幾天才能恢復正常。所以，在開始用壓力表進行觀察，也可以從控制盤上電流表的讀數推算出相應的風量值。
    二、溫度調整
袋式除塵器處理常溫氣體一般來說較為容易，然而處理高溫高濕氣體時，開始運行時如果不進行予熱，濾袋易被打濕網眼嚴重堵塞，以至于無法運行。另外，濾袋如果不進行充分的干燥，會經常出現結露的現象。袋式除塵器露點的準確預測是困難的，所以一定要注意因結露而造成的濾料網眼堵塞及除塵器機殼內表面的腐蝕的問題。
 三、除塵效率
若濾袋上形成一層粉塵吸附層除塵效率會更好。。測定除塵率時期是在袋式除塵器運行若干天或一個月后進行較好。因為初期處理風量的增加，袋式除塵器處于不穩定狀態在下，對于顆粒細的低濃度粉塵其除塵效率一般應在99.5%以上。
       四、粉塵的排出
收集到灰斗里的粉塵既可以自動排出也可以手動排出，但一定要按照規定的順序排。開始運行時初期，會出現一連數天不排灰的現象，這些粉塵一直存留在布袋上直到達到除塵器的很大容塵量為止，然后有序排出。粉塵排出的周期一旦不正確，便形成不了穩定的運轉制度。遇到回收的粉塵量過多的現象，一般是因為開始時設計的予定值是不準確。若達不到灰塵量的予定值，起初時就必須要不斷的取出灰塵從而來控制回收量的多少。
五、袋式除塵器的安裝
袋式除塵器使用一段時間（一到兩個月后）后布袋會變長；變松弛。一方面會與鄰接的布袋箱接觸造成磨損，另一方面其在松弛的位置，因粉塵堆積和摩擦使布袋出現空洞。此外還會因拉力消失使清灰效果變差造成布袋網眼的堵塞，所以要在設備安裝的1到2個月后進行檢查，對拉力進行調整。注意雖然彈簧式的袋式除塵器可不必調整拉力‘但經常進行檢查是十分必要的，運轉一年后必須對不合適的彈簧進行更換

       六、附屬設備
   管道、吸塵罩都是重要的附屬設備。在與轉初期經常通過異常的震動、吸氣不佳、操作不良等故障來進行判斷。初次運行時要注意排風機有沒有出現反轉現象，給風機上油要及時。及時現在大部分的風機帶有自動啟動裝置；出現事故的情況很少；但在沒有自動啟動的情況下，因啟動失敗致使電源的燒斷及馬達單相運轉，造成燒毀事故在運轉初期時有發生。
另外氣體溫度的急劇變化對風機的影響也是很大的，一定要避免這樣的情況出現！隨溫度的變化可能引起風機的變化，從而形成運動不平衡的狀態，發生震動，另外在停止運行時，若溫度突然下降很多，再次啟動時也會有振動的危險。