紫外線按其生物學作用的差異，紫外線可分為UV-A(320-400nm)、UV-B(275-320nm)、UV-C(200-275nm)和真空紫外線部分。水處理中實際上是使用紫外線的UV-C部分，在該波段中260nm附近已被證實是殺菌效率非常高的紫外線。

紫外線消毒器集光學、微生物學、機械、化學、電子、流體力學等綜合科學為一體。采用特殊設計的率、高強度和長壽命的紫外UV-C光發生裝置產生的強紫外UV-C光照射流水。當水中的細菌、病毒等受到一定劑量的紫外UV-C光（波長253.7nm）照射后。其細胞DNA及結構被破壞，細胞再生無法進行，從而達到水的消毒和凈化。而波長185nm的譜線還可以分解水中的有機物分子，產生氫基自由基并將水中有機物分子氧化為二氧化碳，達到去除TOC的目的。