微波滅菌的原理主要基于介質在高頻率電磁場中被加熱的原理。微波在幾千兆赫的高頻電磁場中，以周期每秒幾十億次次的頻率擺動。電場正負頻繁交替變化，極性介質也隨電場磁性變化而復更，相互摩擦產生高熱（當微波通過某中介質時，藥核介質能吸收微波能量，那此微波能量就能在介質中轉換為熱能）蛋白質、核糖核酸和酶失活而達到滅菌的效果。

    水是微波的強吸收介質，微波可讓微生物中的水分子形成電偶極性并隨電場改變而高速轉動，導致細胞膜結構破裂，細胞分子間氫健松弛破壞。溫度的升高，使細胞中的蛋白質凝固而造成微生物的死亡，因而達到滅菌的目的。由于微波可穿透物質較深，一般為2～4厘米，能量隨深度增加而減少，水可強烈地吸收微波，多儀微波可以做藥物和水性注射液的滅菌。

    微波滅菌在中西藥生產中已有應用，上世紀八十年代初，有關研究單位曾做實驗：將含菌量高達350萬個大鹽水混懸液密封與1～2ml的安瓶中，繼3～5kw，2450MHZ的微波作用15秒以上，安瓶溫度接近110℃，細菌全部殺滅。金黃色葡萄球菌與詞此類同，枯草桿菌芽胞含量為6～8萬個/ML液溫應達140℃，保持20秒鐘，可全部殺滅細菌。

    此外還對安痛定、維生素B1、維生素C、尿、慶大霉素、卡那霉素等注射液用微波滅菌除去溶液外，其余5分鐘，PH和主要成分含量都無明顯數據報道。微波滅菌與高壓蒸汽，滅菌對17種化學藥材 定性的影響，證明對高壓蒸汽滅菌穩定的藥物，使用微波滅菌也就變化，而對高壓蒸汽滅菌不穩定的藥物，為維生素C，阿斯匹林等用微波滅菌則比較穩定，其分解程度降低。又如含有2000～3000個真菌孢子的生理鹽水懸混液，在3～4KW微波功率作用下，液溫達到120℃以上，在20～25秒種，既可*滅菌。